Arduino.ru

Никак.

сначала один, а потом другой.  И так максимально быстро :)

Пробовал так тогда не успевает на выходе сигнал шим сразу не появляется. 

Не знаю о чём Вы говорите. Вы на глаз видите задержку? Время измерения вообще-то там не более миллисекунды.

Опросить 2 входа быстрее чем 79ksps (79тыс. замеров в сек суммарно, т.е. около 40тыс "парных" замеров) не получится. Мультиплексор дунек шустрее не переключается. Опрашивать одинокий датчик можно со скоростью до 450ksps с соответствующей потерей разрядности, которая в общем-то избыточна для большинства применений.

Если надо быстро, то или внешние схемы АЦП или по 1 датчику на 1 дуньку или уходить от Атмела на другие камни, но там тоже "свои подводные течения"..