Arduino.ru

нет.
Решаема ли ваша задача с другой стороны? Почему регулярно требуется изменение логики? Как этого избежать? Если для вас что-то сложно, дешевле ли будет нанять специалиста для которого это несложно?

Вроде, Архат говорил, что приспособил Дракон-схемы, даже что-то вылкадывал, толи готовые скетчи, толи софт для их подготовки.  Поищите поиском по слову "дракон"

FLProg - ладдерными диаграммами можно.
Я пробовал)

Можно легко адаптировать "ИС Дракон", по сути ничего "специально допиливать не требуется". Здесь есть тема с примером. Уже куплен (200руб для школьника), установлен и работает. Существенный недостаток - "замочная скважина" .. весь код целиком увидеть нельзя, а программировать требуется ручками, в отличии от Ardublock или SA4.

FLprog - как уже указали: программирование ладдерными диаграммами для "электронщиков";

Ardublock - программирование в стиле Лего-скретчей. Вчера ребенок делал "презентацию" как "левой-задней" программируется робот по линии через состояния конечного автомата. Есть частично русифицированная версия (она и стоит), имеет обширную библиотеку для готовых шилдов к Ардуино, может работать со всеми типами Ардуино плат, в т.ч. и с Мега2560. Устанавливается как toolkit в Ардуино ИДЕ.

SA4 - тоже программирование в стиле скретчей. Только англоязычен и только для UNO, но имеет подобие "эмулятора"..

(Yarik.Yar как с вами можно связаться?)

Симуляции вроде нет... Но она на выходе даёт файл для Arduino IDE, так что модно скомпилировать, а дальше хоть в Протеус.
Связаться можно, но я приверженец Си, с ладдерными диаграммами у меня не очень)
yaryarikyar@ya.ru

Журнал "Радио" №4 за 2015, статья Лихоузова "Визуальная среда программирования микроконтроллеров AVR". ВОзможно, это то, что Вам нужно. Там есть и ссылка, где скачать систему.